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Le conseil de guerre turc se réunit pour décider de la stratégie à adopter, bien que Dragut ne soit pas encore arrivé. Deux positions s'affrontent. D'un côté, Mustafa Pacha, général des armées à terre, souhaite se rendre d'abord maître de l'ensemble de l'île et de Gozo et établir un blocus complet de Malte pour empêcher l'arrivée de tout renfort. De l'autre côté, Piyali, amiral de la flotte, souhaite d'abord fournir un abri sûr à ses navires, exposés aux vents dans la baie de Marsaxlokk. Il préconise de prendre en premier lieu le fort Saint-Elme qui commande à la fois l'entrée de la baie de Marsa et de la rade de Marsamxett, où les galères pourront s'abriter. La prise de Saint-Elme permettrait également de lancer des assauts sur Birgu depuis la mer[B 5]. Devant l'insistance de Piyali, le second parti l'emporte. Mustafa Pacha ordonne alors le transport de l'artillerie depuis la baie de Marsaxlokk sur les hauteurs de la colline de Xiberras pour bombarder le fort.